Researchers in South Africa are monitoring the worrying increase of a new variant of the coronavirus (B.1.1.529) SARS-CoV-2 that causes COVID-19 which has become dominant in the country in two weeks. The variant carries a large number of the mutations found in other variants, including Delta, and spreads rapidly throughout South Africa. According to the scientific community, the variant B.1.1.529 would have originated in the body of an immunosuppressed patient because he was sick with AIDS. A terrain favorable to the evolution of the coronavirus.
The variant has a large number of mutations, 32 of which affect the spike protein, the main antigenic target of antibodies generated by infections and by many widely administered vaccines. Many of these mutations had not been observed in other strains. The variant is characterized by 30 amino acid changes, three small deletions, and one small insertion in the protein 
Il Sars-CoV-2 possiede una piccola sequenza polibasica localizzata lateralmente alla “spike”. Questo “pezzo” in più viene tagliato dall’enzima cellulare furina (proteasi). È grazie a questo taglio che la “spike” può legarsi a un secondo recettore, la neuropilina-1, che potenzia l’entrata del virus nelle cellule e la diffusione virale nell’organismo cioè permette l’esposizione delle sequenze di fusione e quindi consente la fusione delle membrane virali e cellulari, passaggio necessario al virus per l’ingresso nella cellula.
Fino a ieri era classificata tra le varianti da monitorare, ora l’OMS l’ha riclassificata come “preoccupante”.
Here are some excerpts from an article by Ewen Callaway pubblicato sulla rivista scientifica “natures” il 27 novembre.
It will take a couple of weeks to understand if and to what extent the new Sars Cov 2 variant is able to escape the antibodies generated by the anti Covid vaccines, as well as the defenses due to the activation of the immune system's T cells, he said virologist Penny Moore, of the University of the Witwatersrand in Johannesburg. At the moment it is not even clear whether this variant is more transmissible than the Delta. The information available so far concerns some cases of reinfections and of cases in vaccinated individuals, he said again recalling that the vaccines used in South Africa are those of Johnson & Johnson, Pfizer-BioNtech or Oxford-AstraZeneca. However “at this stage it is too early to say anything”.
The situation is uncertain even for an infectious disease specialist Richard Lessells, from the University of KwaZulu-Natal in Durban: "There are many things we don't understand about this variant," he said at a press conference organized by South Africa's health department. "The profile of the mutation is worrying, but now we have to work to understand the characteristics of this variant in relation to the progress of the pandemic". The first information on the B.1.1.529 variant arrived thanks to genetic sequences obtained in Botswana.
“Una domanda scottante è: riduce l’efficacia del vaccino, perché ha così tanti cambiamenti? “, dice Aris Katzourakis, che studia l’evoluzione del virus all’Università di Oxford, nel Regno Unito.
Modern communicated che sta lavorando rapidamente per testare la capacità dell’attuale dose di vaccino di neutralizzare la variante di Omicron e i dati sono attesi nelle prossime settimane.
Dall inizio del 2021, Moderna ha avanzato una strategia globale per anticipare nuove “variants of concern“. Questa strategia include tre livelli di risposta nel caso in cui la dose di richiamo di 50 µg attualmente autorizzata di mRNA-1273 si dimostrasse insufficiente per aumentare l’immunità calante contro la variante Omicron.
In primo luogo, Moderna ha già testato un booster a dose più elevata di mRNA-1273 (100 µg) in adulti sani. Moderna ha completato il dosaggio di 306 partecipanti in uno studio sulla sicurezza e sull’immunogenicità di questo richiamo ad alte dosi (100 µg). Anche la dose di 100 µg di mRNA-1273 è stata recentemente studiata dal National Institutes of Health (NIH) negli Stati Uniti e ha generalmente determinato i titoli neutralizzanti più elevati contro i precedenti ceppi di SARS-CoV-2 . Moderna sta lavorando per testare rapidamente i vaccini di richiamo ad alte dosi nei test di neutralizzazione per determinare se la dose di 100 µg fornisce una protezione neutralizzante superiore contro Omicron.
Second, Moderna is already clinically studying two multivalent booster candidates that have been designed to anticipate mutations such as those that have emerged in the Omicron variant. The first candidate (mRNA-1273.211) includes several mutations present in the Omicron variant that were also present in the Beta variant of interest. The Company has completed dosing in a potentially pivotal safety and immunogenicity study of mRNA-1273.211 at the 50 µg (N=300) and 100 µg (N=584) dose levels. Moderna will rapidly scale up testing of booster vaccines from completed and ongoing multivalent studies to determine whether these multivalent candidates can provide superior neutralizing protection against Omicron.
“Fin dall inizio, abbiamo detto che mentre cerchiamo di sconfiggere la pandemia, è imperativo essere proattivi mentre il virus si evolve. Le mutazioni nella variante Omicron sono preoccupanti e da diversi giorni ci stiamo muovendo il più velocemente possibile per attuare la nostra strategia per affrontare questa variante”, ha affermato Stéphane Bancel, amministratore delegato di Moderna. “Abbiamo tre linee di difesa che stiamo portando avanti in parallelo: abbiamo già valutato un booster a dose più alta di mRNA-1273 (100 µg), in secondo luogo, stiamo già studiando due candidati booster multivalenti nella clinica che sono stati progettati per anticipare mutazioni come quelle che sono emerse nella variante Omicron e i dati sono attesi nelle prossime settimane e, terzo, stiamo rapidamente avanzando un candidato booster specifico per Omicron(mRNA-1273.529)”.
Secondo l’ISS i vaccini determinano la formazione di una risposta immunitaria contro molti frammenti della proteina cosiddetta Spike, quella, per intenderci, prodotta dal virus per attaccarsi alle cellule e infettarle. Quindi anche se ci fosse stata una mutazione in alcuni frammenti della proteina Spike è improbabile che possa essere sufficiente a rendere il vaccino inefficacie. Dall’Istituto Mario Negri let it be known che non c’è nessuna prova – al momento – che questa variante riesca ad eludere il vaccino. Lo stesso Prof. Shabir A. Madhi, uno dei maggiori virologi sudafricani ed Executive Director of the Nationl Institute for Communicable Disease, conferma che il vaccino conserva il suo livello di protezione. Per questo motivo è necessario continuare a favorire la vaccinazione in tutti i Paesi ed è importante comportarsi saggiamente e attendere di avere maggiori dati su questa nuova variante
The South African doctor Angelique Coetzee, President of the Doctors Association of South Africa and member of the Government Health Task Force, reports a mild symptomatology: «Fatigue, headache, itchy throat, slight cold. They didn't match the Delta ones we'd seen ten weeks earlier. We decided to test them because they were similar to a viral infection. No Omicron patients have been hospitalized so far. We have never experienced any serious effects. The interesting thing is that the patients with severe throat pain all tested negative." And he concludes: «You mustn't panic. If you experience this type of symptoms, like the ones described, for more than two days, get tested. Get vaccinated, wear a mask and don't stay in crowded places"
«Ad oggi (29/11/2021) non sono stati segnalati decessi legati alla variante Omicron» del coronavirus: lo afferma l’Organizzazione mondiale della sanità (Oms) in un documento tecnico sulla nuova variante del coronavirus pubblicato oggi, giorno in cui si tiene una riunione d’emergenza dei ministri della Sanità del G7.
Just scaremongering then? We will certainly know more in the coming weeks.
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Note:
The RBD receptor residues 319-541 site of 15 mutations in the omicron variant
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